Fue secretario de Seguridad Pública durante el sexenio de Vicente Fox, y uno de los actores principales en los hechos violentos ocurridos en San Salvador Atenco, Estado de México en 2006; en ese entonces Peña Nieto era gobernador de la entidad.

Durante los disturbios dos jóvenes perdieron la vida, hubo violaciones a derechos humanos y torturas sexuales a mujeres, la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) condenó las vejaciones.

Fue propuesto por el ex presidente Enrique Peña Nieto para ser ministro, y en 2015 ocupó cargo que se planteaba duraría 15 años.

De igual manera, sus cuentas son investigadas por la Fiscalía General de la República por desvío de recursos, ya que sus transferencias financieras no corresponden con sus ingresos.

Fue embajador de México en Reino Unido de 2006 a 2009 y Estados Unidos de 2013 a 2015.

En materia de derechos, el ministro elaboró el proyecto que derivó declaración de inconstitucionalidad de los artículos 294,297 y 300 del Código Civil que impedían el matrimonio igualitario.

Medina Mora también impulsó iniciativas para la legalización de la marihuana e indicó que debe crearse una política de estado.